Zu den Schät­zen eines Klos­ters zählt auch ein reich­hal­ti­ger Bücher­be­stand. Er ist der geis­ti­ge Schatz eines Klos­ters. Des­halb wur­den für die Auf­be­wah­rung der Bücher kost­ba­re Biblio­theks­räu­me geschaffen.
Die spät­ba­ro­cke Biblio­thek des Stif­tes Her­zo­gen­burg ist kein über­trie­be­ner Prunk­raum, son­dern eher ein ele­gan­ter schlich­ter Stu­dier­saal. Die Orna­ment­ma­le­rei an Decke und Wän­den stammt von Dome­ni­co Fran­cia. Die Bücher­schrän­ke ent­warf Johann Hen­cke, der auch die pracht­vol­le Orgel der Stifts­kir­che geschaf­fen hat.
Die­ser Teil der Stifts­bi­blio­thek, die ins­ge­samt 60.000 Bän­de umfasst, ist mit ca. 20.000 Wer­ken aus dem 18. Jh. bestückt. Die ältes­te Hand­schrift ist ein Psal­te­ri­um aus dem 12. Jh. Künst­le­risch wert­voll sind auch drei Prunk­bän­de mit einem Werk Gre­gors des Gro­ßen, die „Mora­lia in Hiob“.

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